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I fattori di trascrizione attivati regolati dal ligando, noti collettivamente come recettori nucleari, rispondono a vari segnali liposolubili come estrogeni, progesterone, acido retinoico, ossisteroli e ormone tiroideo.
Gli HRE, brevi sequenze di DNA tipicamente situate a monte del sito di inizio della trascrizione, sono legate ai recettori ormonali nucleari per regolare la trascrizione genica. Questi classici elementi potenziatori o silenziatori possono influenzare la sintesi dell'mRNA indipendentemente dalla loro posizione e orientamento all'interno della regione del promotore di un gene.
Il targeting dei recettori verso i loro elementi di risposta ormonale (HRE) è sotto la responsabilità del dominio centrale di legame del DNA (DBD). Il DBD, che incarna un motivo zinc finger di tipo II, contiene due sottodomini che comprendono ciascuno quattro residui di cisteina che coordinano uno ione zinco e un'alfa-elica. Operando come dimeri, i singoli monomeri del DBD riconoscono sei sequenze di coppie di basi sul DNA attraverso semisiti dove la sua elica di lettura entra in contatti specifici con i solchi principali. Questo meccanismo consente la discriminazione tra vari orientamenti di sequenza all'interno del suddetto elemento di risposta prendendo nota della spaziatura e dell'orientamento. È interessante notare che queste proteine mantengono ancora la flessibilità nel riconoscere diverse sequenze di DNA anche quando sono presenti sostituzioni di amminoacidi nelle rispettive eliche di lettura del recettore senza interrompere completamente il legame.
È possibile accertare la correlazione tra la flessibilità nel riconoscimento della sequenza del DNA e i contatti specifici delle basi osservati nelle strutture cristalline. Conducendo studi di dinamica molecolare sul legame del DNA dei recettori degli estrogeni con sequenze particolari e non specifiche, siamo riusciti a trovare una soluzione a questa domanda. Per una comprensione approfondita del nostro studio di ricerca, fare riferimento al collegamento fornito.